Agemoxi é indicado no controle e tratamento das infecções causadas por bactérias Gram-positivas e Gram-negativas sensíveis à amoxilina, excetuando-se as cepas produtoras de lactamases, sobretudo quando a terapia requer a atividade prolongada do antibiótico. Também é recomendado no controle de infecções secundárias e como antibiótico preventivo em intervenções cirúrgicas, no pré ou no pós-operatório, a critério do médico veterinário.